В 1859 году в списке населённых мест Томской губернии упоминается деревня Калтанская со 128 жителями. В 1949 году деревня Нижний Калтан была переименована в рабочий посёлок Калтан 29 июля 1959 года указом Президиума Верховного Совета РСФСР рабочий поселок Калтан переименован в город с подчинением Осинниковскому горсовету.
Город приобрёл статус областного подчинения в 1993 году. 17 декабря 2004 года в соответствии с Законом Кемеровской области № 104-ОЗ образовано муниципальное образование Калтанский городской округ.
